Qu’est ce que le microbiote intestinal ?

Tous les articles de ce blog sont rédigés en collaboration et avec la supervision des professionnels de santé de notre centre de gastro-entérologie.

Le microbiote intestinal – autrefois appelé flore intestinale – est désormais considéré comme un acteur clé de notre santé. Composé de milliards de bactéries, cet écosystème évolue dans le tube digestif où il est considéré comme un organe à part entière. Son bon équilibre est essentiel à la santé de l’organisme. Zoom sur le refuge de bactéries de notre intestin !

Définition du microbiote intestinal

Composé de milliers de milliards de micro-organismes, le microbiote intestinal est le refuge de bactéries, parasites, virus, champignons et levures (non pathogènes) vivant en parfaite symbiose avec l’organisme. Ainsi ils sont nommés micro-organismes commensaux car ils sont dans un environnement spécifique. Ils évoluent tout le long du système digestif, mais nous les retrouvons principalement dans les intestins. Le microbiote intestinal pèse jusqu’à 2 kg ⁽¹⁾ et abrite environ 1 000 espèces différentes. La majorité de ces espèces sont bénéfiques à notre santé.

Le microbiote intestinal est également appelé la flore intestinale. Ces deux appellations désignent ce même ensemble de bactéries. Toutefois le terme de flore intestinale a évolué vers celui de microbiote car les scientifiques le considère désormais comme un organe à part entière.

A savoir ! Le microbiote contient environ 10 000 milliards de micro-organismes. A titre de comparaison, ce chiffre est supérieur au nombre de cellules composant notre corps ⁽²⁾ !

Découverte du microbiote

Il a fallu attendre le début du 20^ème siècle pour que l’étude du microbiote intestinal ne commence. Pasteur, qui se penchait à l’époque sur l’étude des bactéries pathogènes. Elie Metchnikov – un de ses élèves – décida quant à lui d’étudier les propriétés des bactéries (non pathogènes) de nos intestins. Il mit en évidence quelques années plus tard, les bénéfices des ferments lactiques notamment sur notre flore intestinale.

Suite à cela, il évoqua l’idée que ces bactéries joueraient un rôle essentiel à notre équilibre et notre bien être. Les différentes études se sont suivies jusqu’en 1990 où on mit enfin en lumière notre « deuxième cerveau » : les fibres nerveuses de la paroi intestinale sont liées au système nerveux central. En 2006, les progrès de la science nous ont permis d’une part de décoder les génomes de certains microbes. Et d’autre part, que chaque individu a son propre microbiote, bien qu’il existe un socle commun. Mais aussi que les personnes malades ont un microbiote intestinal faible et pauvrement diversifié.

Comment se forme le microbiote intestinal ?

C’est à partir de la naissance que le microbiote intestinal commence à se former :

Tout d’abord lors de l’accouchement (par voie naturelle) : le bébé est mis au contact des micro-organismes vaginaux et intestinaux (en cas d’expulsion de selles) de sa mère. Ensuite, si le nourrisson est allaité, il reçoit les probiotiques contenus dans le lait et les prébiotiques contenus dans le sucre du lait maternel, ainsi que les micro-organismes de la peau de sa maman. Enfin, les mois suivants le microbiote se développe au fil de la diversification alimentaire, au contact des proches, en fonction de l’hygiène, de l’environnement, du patrimoine génétique, etc ⁽³⁾.

Suite aux premières années de vie, sa composition se stabilise pour atteindre une maturité vers l’âge de 3 ans. Et ce, bien que des régulations et des rééquilibrages aient lieu en permanence à cause des perturbations externes (médicaments, hormones, hygiène, alimentation, etc.).

Vers l’âge de 65-70 ans, le microbiote connaitra une nouvelle maturation pour accueillir de nouvelles variétés d’espèces de bactéries ⁽⁴⁾.

Localisation du microbiote intestinal

Les micro-organismes du microbiote vivent accrochés aux parois du tube digestif. Un biofilm – formé par le mucus intestinal – les protège, leur évitant ainsi d’être entrainés par le transit intestinal. Toutefois, le microbiote ne s’y étend pas de manière homogène : sa densité est maximale dans l’intestin grêle et le côlon, et minimale dans l’estomac.

En effet, l’estomac est un milieu bien trop acide pour que les micro-organismes puissent y survivre. Par conséquent, il abrite 100 millions de fois moins de bactéries commensales en comparaison de l’intestin grêle et du côlon. Ainsi les bactéries bénéfiques vivent en communauté avec les bactéries néfastes. Cependant, pour un fonctionnement optimal, le microbiote intestinal doit avoir une grande variété de micro-organismes et doit avoir une majorité de bonnes bactéries.

Rôle du microbiote intestinal sur l’organisme humain

Le microbiote intestinal remplit de nombreuses fonctions essentielles pour notre santé, c’est la raison pour laquelle la communauté scientifique s’y intéresse tant ! Citons par exemple ses trois fonctions principales :

• la digestion des aliments : les aliments non-digestibles qui se retrouvent dans l’intestin grêle sont fermentés dans le côlon par le microbiote intestinal. De plus, il permet l’assimilation et la régulation de vitamines, minéraux et autres nutriments, et la synthétisation des acides gras à chaîne courte
• la protection : l’effet barrière du microbiote intestinal évite l’invasion et le développement de bactéries indésirables pathogènes, allergènes ou irritantes
• le développement du système immunitaire : le microbiote intestinal aide le système immunitaire à fonctionner correctement en exercant une stimulation permanente sur ce dernier. En effet environ 60 % des cellules immunitaires sont dans l’intestin

Outre ces rôles, il nous reste beaucoup à découvrir sur ce sujet passionnant. En particulier sur la relation entre le microbiote intestinal et notre humeur, notre gestion du stress, nos émotions, etc.

Quelles conséquences entraine un déséquilibre du microbiote ?

Tout déséquilibre du microbiote intestinal entraine inévitablement des perturbations dans l’organisme. Ainsi que l’altération soit fonctionnelle et/ou qualitative, elle se répercute sur la santé. De simples troubles à la disparition de ses bienfaits, on parle alors de dysbiose ⁽⁵⁾:

• troubles fonctionnels de l’appareil digestif : en particulier le syndrome de l’intestin irritable
• MICI : maladies inflammatoires chroniques de l’intestin
• allergies : surtout chez les enfants
• infections
• obésité
• maladies métaboliques

Les modulateurs du microbiote intestinal

Afin d’influer sur les bactéries présentes dans notre microbiote intestinal, les prébiotiques et les probiotiques sont les deux pistes les plus privilégiées.

Les prébiotiques

Les prébiotiques sont des éléments que l’organisme ne peut digérer. Ainsi, lors de leur fermentation, la composition et l’activité du microbiote intestinal s’en voient modifiées. Par conséquent les bonnes bactéries présentes dans le côlon sont multipliées et leur activité est stimulée.

En Europe, nous consommons de 2 à 10g de prébiotiques par jour ⁽⁶⁾. Quelle que soit leur nature : aliment, complément alimentaire, ingrédient, etc. Assurez-vous d’en consommer quotidiennement pour assurer votre santé.

A savoir ! Nous pouvons trouver des prébiotiques dans les fruits, les légumes et les légumineuses notamment : les oignons, l’ail, les asperges, les poireaux, les salsifis, le riz, le blé, l’avoine, les bananes, les racines de chicorée, les cœurs d’artichauts, etc. ⁽⁷⁾

Les probiotiques

Les probiotiques sont des micro-organismes qui s’avèrent être bénéfiques sur la santé à condition d’en ingérer une quantité suffisante ! Cependant, leur durée de vie est limitée, ces levures et bactéries ne survivent que de quelques jours à trois semaines.

Outre leurs effets nutritionnels traditionnels, ils doivent toutefois répondre à plusieurs critères pour maximiser leur efficacité ⁽⁸⁾ :

• l’organisme doit parfaitement les tolérer
• ils doivent être capables de résister à l’environnement de notre système digestif (sels biliaires, acide gastrique, etc.)
• ils doivent avoir des propriétés immuno-stimulantes et anti-microbiennes

Vous l’aurez compris, tous les probiotiques ne se valent pas et n’auront pas les mêmes effets sur deux personnes différentes. Chaque association de souches a ses propres effets. De plus, n’oublions pas que chaque personne a son propre microbiote intestinal à l’instar de l’ADN.

Comment prendre soin de son microbiote intestinal ?

Comme nous venons de le voir, le microbiote intestinal a un rôle essentiel sur l’ensemble de notre santé. Par conséquent, en prendre soin est essentiel afin d’éviter la dysbiose et ses nombreux désagréments. Notamment un transit difficile : flatulences, ballonnements, transit altéré, spasmes, etc.

Fort heureusement, il est possible de mettre en place un certain nombre d’habitudes qui permettront d’améliorer son bien-être intestinal. En particulier le nettoyage des intestins.

L’alimentation est la clé d’un microbiote intestinal sain. Ainsi, consommer des aliments bons pour la flore intestinale contribue grandement à la conservation de son équilibre. Une alimentation variée et équilibrée composée de familles d’aliments diverses et variées permettra d’enrichir votre microbiote intestinal. À condition toutefois de favoriser les bons types d’aliments : fruits, légumes et autres aliments riches en fibres. En parallèle, on limite au maximum les sucres, graisses, épices, excitants (thé, café et alcool) ainsi que le tabac.

Références et sources scientifiques

Les informations citées dans cet article proviennent de la FRM (fondation pour la recherche médicale) et de l’INSERM (institut national de la santé et la recherche médicale).

1. Dossier INSERM Burcelin R., Zitvogel L., Fond G., Sokol H.
2. étude révisée sur l’estimation du nombre de cellules bactériennes dans le corps humain par Sender R, et al. Publiée dans la prestigieuse revue scientifique Plos Biology : 2016 ; 14 : e1002533.
3. Dossier INSERM voir 1.
4. étude sur la flore intestinale et la prise d’âge de 1992 Mitsuoka, T. Publiée dans Nutrition reviews 50 : 438-446.
5. étude sur les changements des selles lors de la prédominance d’une population bactérienne en 2002 par Hopkins, M. J. & Macfarlane, G. T. Publiée dans le journal medical of microbiology 51 : 448-454
6. etude de Van Loo, J., Coussement, P., de Leenheer, L., Hoebregs, H. & Smits, G. (1995) sur la présence d’inuline et d’oligofructose comme ingrédients naturels dans l’alimentation occidentale. Publiée dans le Critical Reviews in Food Science and Nutrition 35 : 525-552.
7. Roberfroid, M. (2002) Aliments fonctionnels. Tec & Doc.
8. FAO/WHO. Santé et propriétés nutritionnelles des probiotiques dans l’alimentation. 2001 ;